公元2136年，一枚名为“哈米吉多顿”的小行星坠落地球，史称“大灾变”。一时间，天地变色，万物蹉跎。人类文明分裂为两支：以现代文明为基础，苟延残喘的“旧”人类，以及适应环境，投身自然的变异者，双方隔阂重重，彼此征战不休。
公元2236年，“大灾变”一百年后，一位神秘女孩在人类东方定居点出现，她以军方密探的身份，铲除一切有害于人类的敌人。与此同时，在东方定居点的贫民区，发生大规模屠杀居民的事件。这被认为是对政府权威的挑衅。军方为之震怒。他们派出重兵，发誓要将敌人彻底清除。巨大的阴云笼罩长江，恍惚间，一场暴风雨已经近在眼前。